以化学、生物学、材料学等基本理论为基础，围绕水资源系统中的关键科学与技术问题，长期联合攻关与合作研究，主要涉及内容如下：水生态安全、水质量保障、水系统健康循环。在城市污水和工业废水处理与资源化、城市饮用水水质安全保障等方面的研究成果达到国际领先水平。在污水处理方面的科研成果在国内二十余个省市自治区得到应用，取得了良好的经济效益和社会效益。以下是学院部分比较有代表性的科研成果（二）：

生物除铁锰技术:

发现了固锰菌胞外酶催化氧化水中Mn2+的机理，提出Fe2+和Mn2+可在同一生物滤程中氧化去除的工艺；

解决了半个多世纪以来国内外地下水除锰难题，从理论到工程实践都处于国际领先水平；

在东北三省已建成6座生物除铁除锰水厂并成功运行，出水铁锰均优于国家标准，达到痕量；

成果于2005年获国家科技进步二等奖。

高浓度工业废水处理技术:

发展了产酸发酵微生物生理生态学理论，揭示了限制因子制约的产酸发酵微生物顶极群落的内平衡与反馈调节的作用机制；

发明了3套适合我国国情的高浓度废水生物处理集成化技术，在淮河、太湖、辽河和松花江等流域15项工程应用；

成果于2004年获国家科技进步二等奖。

复合型生物絮凝剂技术:

提出“复合型生物絮凝剂”概念，揭示了产絮菌产絮特性及絮凝机理；发明了生物絮凝剂二段式发酵方法；

获国家环保总局颁发的环境保护科技成果证书及国家重点新产品证书；

建立了强化型人工-自然生态处理系统，实现废水用于景观用水；

城市废水生态处理技术及资源化在山东、广州、深圳等地应用，均获得成功。